Submit Data |  Help |  Video Tutorials |  News |  Publications |  FTP Download |  REST API |  Citing RGD |  Contact   

ONTOLOGY REPORT - ANNOTATIONS


Term:GDP
go back to main search page
Accession:CHEBI:17552 term browser browse the term
Definition:A purine ribonucleoside 5'-diphosphate that has formula C10H15N5O11P2.
Synonyms:related_synonym: Formula=C10H15N5O11P2;   Guanosine 5'-diphosphate;   Guanosine diphosphate;   InChI=1S/C10H15N5O11P2/c11-10-13-7-4(8(18)14-10)12-2-15(7)9-6(17)5(16)3(25-9)1-24-28(22,23)26-27(19,20)21/h2-3,5-6,9,16-17H,1H2,(H,22,23)(H2,19,20,21)(H3,11,13,14,18)/t3-,5-,6-,9-/m1/s1;   InChIKey=QGWNDRXFNXRZMB-UUOKFMHZSA-N;   SMILES=Nc1nc2n(cnc2c(=O)[nH]1)[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)[C@H]1O;   guanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)
 alt_id: CHEBI:13327;   CHEBI:14379;   CHEBI:24448;   CHEBI:42738;   CHEBI:5212
 xref: CAS:146-91-8 "KEGG COMPOUND";   DrugBank:DB04315;   KEGG:C00035;   KEGG:G10620
 xref_mesh: MESH:D006153
 cyclic_relationship: is_conjugate_acid_of CHEBI:65180


show annotations for term's descendants       view all columns           Sort by:
 
GDP term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Fut8 fucosyltransferase 8 JBrowse link 6 100,305,957 100,537,208 RGD:6480464
G Gmds GDP-mannose 4, 6-dehydratase JBrowse link 17 33,408,722 33,938,086 RGD:6480464
G Hras HRas proto-oncogene, GTPase JBrowse link 1 214,178,404 214,181,841 RGD:6480464
G Htr1a 5-hydroxytryptamine receptor 1A JBrowse link 2 36,246,628 36,247,896 RGD:6480464
G Kras KRAS proto-oncogene, GTPase JBrowse link 4 179,482,562 179,515,483 RGD:6480464
G Pgp phosphoglycolate phosphatase JBrowse link 10 13,836,105 13,838,731 RGD:6480464
G Rab3a RAB3A, member RAS oncogene family JBrowse link 16 20,435,098 20,439,206 RGD:6480464
G Sos1 SOS Ras/Rac guanine nucleotide exchange factor 1 JBrowse link 6 3,105,443 3,182,977 RGD:6480464
GDP-alpha-D-glucose term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Idh2 isocitrate dehydrogenase (NADP(+)) 2 JBrowse link 1 141,874,354 141,893,674 RGD:6480464
GDP-beta-S term browser
Symbol Object Name JBrowse Chr Start Stop Reference
G Acat1 acetyl-CoA acetyltransferase 1 JBrowse link 8 58,166,990 58,195,884 RGD:6480464
G Trpc6 transient receptor potential cation channel, subfamily C, member 6 JBrowse link 8 6,811,543 6,917,534 RGD:6480464

Term paths to the root
Path 1
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19662
    role 19606
      biological role 19604
        biochemical role 19133
          metabolite 19101
            prokaryotic metabolite 18236
              bacterial metabolite 18236
                Escherichia coli metabolite 18132
                  GDP 11
                    2'-MANT-GDP + 0
                    3'-MANT-GDP + 0
                    7-methylguanosine 5'-diphosphate 0
                    7-methylguanosine 5'-diphosphate(1+) 0
                    8-oxo-GDP 0
                    GDP-beta-S 2
                    GDP-sugar + 1
                    GDP-valienol 0
                    MANT-GDP 0
Path 2
Term Annotations click to browse term
  CHEBI ontology 19662
    subatomic particle 19658
      composite particle 19658
        hadron 19658
          baryon 19658
            nucleon 19658
              atomic nucleus 19658
                atom 19658
                  main group element atom 19539
                    p-block element atom 19539
                      chalcogen 19228
                        oxygen atom 19182
                          oxygen molecular entity 19182
                            hydroxides 18964
                              oxoacid 18075
                                pnictogen oxoacid 8543
                                  phosphorus oxoacid 8436
                                    phosphoric acids 7318
                                      phosphoric acid 7318
                                        phosphoric acid derivative 6968
                                          phosphate 6968
                                            organic phosphate 6967
                                              carbohydrate phosphate 1498
                                                phospho sugar 1433
                                                  aldose phosphate 1431
                                                    aldopentose phosphate 1425
                                                      ribose phosphate 1419
                                                        ribonucleotide 1378
                                                          purine ribonucleotide 1351
                                                            guanyl ribonucleotide 123
                                                              guanosine phosphate 55
                                                                guanosine 5'-phosphate 55
                                                                  GDP 11
                                                                    2'-MANT-GDP + 0
                                                                    3'-MANT-GDP + 0
                                                                    7-methylguanosine 5'-diphosphate 0
                                                                    7-methylguanosine 5'-diphosphate(1+) 0
                                                                    8-oxo-GDP 0
                                                                    GDP-beta-S 2
                                                                    GDP-sugar + 1
                                                                    GDP-valienol 0
                                                                    MANT-GDP 0
paths to the root

NHLBI Logo

RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.