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Gene Ontology AnnotationsReferences - curatedReferences - uncuratedGenomics
Comparative Map Data| C16orf87 (Homo sapiens - human) |
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| 4921524J17Rik (Mus musculus - house mouse) |
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| RGD1308706 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| LOC102015256 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| C22H16orf87 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| CUNH16orf87 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| LOC100626752 (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| RH78494 |
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| RPL36AL_8599 |
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| D10S16 | No map positions available. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D1S1423 |
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| D11S2921 |
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| D10S16 |
|
miRNA Target Status
Predicted Target Of
| The detailed report is available here: |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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Expression
Sequence
Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NM_001001436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001348660 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NM_001348661 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NR_145834 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NR_145835 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NR_145836 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NR_145837 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024450271 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| XM_024450272 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AC007225 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| BC056676 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BX647945 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH471092 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| DB460878 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| HY180978 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NM_001001436 ⟹ NP_001001436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence: |
CTCTGGGCGAGCTCGCGGGCGGGCTGTGGGTCGCGAGCCGCCGTGGGAGCGCGTGTCGCGGTCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_001348660 ⟹ NP_001335589 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CTCTGGGCGAGCTCGCGGGCGGGCTGTGGGTCGCGAGCCGCCGTGGGAGCGCGTGTCGCGGTCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_001348661 ⟹ NP_001335590 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CTCTGGGCGAGCTCGCGGGCGGGCTGTGGGTCGCGAGCCGCCGTGGGAGCGCGTGTCGCGGTCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NR_145834 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
CTCTGGGCGAGCTCGCGGGCGGGCTGTGGGTCGCGAGCCGCCGTGGGAGCGCGTGTCGCGGTCChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NR_145835 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GCGCGGGCGGGCGGCAGTGGCTTGGCGGCCGTTGTCTGTGGAGGGGGGCCTCGCCGGGCTCCCGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NR_145836 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GCGCGGGCGGGCGGCAGTGGCTTGGCGGCCGTTGTCTGTGGAGGGGGGCCTCGCCGGGCTCCCGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NR_145837 | |||||||||
| RefSeq Status: | VALIDATED | |||||||||
| Type: | NON-CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GCGCGGGCGGGCGGCAGTGGCTTGGCGGCCGTTGTCTGTGGAGGGGGGCCTCGCCGGGCTCCCGhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024450271 ⟹ XP_024306039 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GTGGCCACTGCCGCGCCGGGGCGGTCTGGCGGAGGGGGGGGAGGTCTCCCCTCGTCTCGTGATAhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XM_024450272 ⟹ XP_024306040 | |||||||||
| RefSeq Status: | ||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||
| Position: |
|
|||||||||
| Sequence: |
GTGGCCACTGCCGCGCCGGGGCGGTCTGGCGGAGGGGGGGGAGGTCTCCCCTCGTCTCGTGATAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001001436 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_001335589 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| NP_001335590 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024306039 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| XP_024306040 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAH56676 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| CAH56192 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EAW82689 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| Q6PH81 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
Reference Sequences
| RefSeq Acc Id: | NP_001001436 ⟸ NM_001001436 |
| - Peptide Label: | isoform 1 |
| - UniProtKB: | Q6PH81 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MSATRAKKVKMATKSCPECDQQVPVACKSCPCGYIFISRKLLNAKHSEKSPPSTENKHEAKRRRhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001335589 ⟸ NM_001348660 |
| - Peptide Label: | isoform 2 |
| - UniProtKB: | Q6PH81 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MSATRAKKVKMATKSCPECDQQVPVACKSCPCGYIFISRKLLNAKHSEKSPPSTEKQEKEIDIYhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001335590 ⟸ NM_001348661 |
| - Peptide Label: | isoform 3 |
| - Sequence: |
MSATRAKKVKMATKSCPECDQQVPVACKSCPCGYIFISRKLLNAKHSEKSPPSTGSQKICYQYChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024306039 ⟸ XM_024450271 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MSATRAKKVKMATKSCPECDQQVPVACKSCPCGYIFISRKLLNAKHSEKSPPSTENKHEAKRRRhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | XP_024306040 ⟸ XM_024450272 |
| - Peptide Label: | isoform X1 |
| - Sequence: |
MSATRAKKVKMATKSCPECDQQVPVACKSCPCGYIFISRKLLNAKHSEKSPPSTENKHEAKRRRhide sequence |
Promoters| RGD ID: | 6792759 | |||||||||
| Promoter ID: | HG_KWN:23722 | |||||||||
| Type: | CpG-Island | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | MPROMDB | |||||||||
| Tissues & Cell Lines: | K562 | |||||||||
| Transcripts: | ENST00000394806, OTTHUMT00000255738 | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 7232137 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_H21814 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | C16orf87_1 | |||||||||
| Description: | chromosome 16 open reading frame 87 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 7232139 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_H21815 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | C16orf87_2 | |||||||||
| Description: | chromosome 16 open reading frame 87 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
Clinical Variants| Name | Type | Condition(s) | Position(s) | Clinical significance |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46466829-52314178)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052404]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000052404]|See cases [RCV000052404] | Chr16:46466829..52314178 [GRCh38] Chr16:46500741..52348090 [GRCh37] Chr16:45058242..50905591 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46466829-51939304)x1 | copy number loss | Anophthalmia [RCV000053309]|See cases [RCV000053309] | Chr16:46466829..51939304 [GRCh38] Chr16:46500741..51973216 [GRCh37] Chr16:45058242..50530717 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46466829-51673196)x1 | copy number loss | Renal adysplasia [RCV000053310]|See cases [RCV000053310] | Chr16:46466829..51673196 [GRCh38] Chr16:46500741..51707107 [GRCh37] Chr16:45058242..50264608 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46471520-52405956)x1 | copy number loss | Renal adysplasia [RCV000053328]|See cases [RCV000053328] | Chr16:46471520..52405956 [GRCh38] Chr16:46505432..52439868 [GRCh37] Chr16:45062933..50997369 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46466829-52422170)x1 | copy number loss | See cases [RCV000137306] | Chr16:46466829..52422170 [GRCh38] Chr16:46500741..52456082 [GRCh37] Chr16:45058242..51013583 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 16q11.2-12.1(chr16:46466829-52355793)x3 | copy number gain | See cases [RCV000137170] | Chr16:46466829..52355793 [GRCh38] Chr16:46500741..52389705 [GRCh37] Chr16:45058242..50947206 [NCBI36] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16q11.2-24.3(chr16:46615804-90142285)x1 | copy number loss | Ductal breast carcinoma [RCV000207138] | Chr16:46615804..90142285 [GRCh37] Chr16:16q11.2-24.3 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 16q11.2-12.1(chr16:46615804-47345238)x1 | copy number loss | Ductal breast carcinoma [RCV000207035] | Chr16:46615804..47345238 [GRCh37] Chr16:16q11.2-12.1 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 16q11.2-24.3(chr16:46464488-90155062)x3 | copy number gain | See cases [RCV000446110] | Chr16:46464488..90155062 [GRCh37] Chr16:16q11.2-24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16q11.2(chr16:46509686-46843488)x3 | copy number gain | See cases [RCV000446229] | Chr16:46509686..46843488 [GRCh37] Chr16:16q11.2 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 16q11.2(chr16:46503406-46842785)x3 | copy number gain | See cases [RCV000447579] | Chr16:46503406..46842785 [GRCh37] Chr16:16q11.2 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:69193-90274381)x3 | copy number gain | See cases [RCV000446684] | Chr16:69193..90274381 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16p13.2-q24.3(chr16:9273328-89548493)x3 | copy number gain | See cases [RCV000511622] | Chr16:9273328..89548493 [GRCh37] Chr16:16p13.2-q24.3 |
uncertain significance |
| GRCh37/hg19 16p11.2-q21(chr16:34197492-64509054)x3 | copy number gain | See cases [RCV000511791] | Chr16:34197492..64509054 [GRCh37] Chr16:16p11.2-q21 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16q11.2-12.1(chr16:46737110-51838691)x1 | copy number loss | See cases [RCV000511950] | Chr16:46737110..51838691 [GRCh37] Chr16:16q11.2-12.1 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:85881-90155062)x3 | copy number gain | See cases [RCV000512138] | Chr16:85881..90155062 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:85881-90155062) | copy number gain | See cases [RCV000511296] | Chr16:85881..90155062 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16q11.2-24.3(chr16:46455960-90354753)x1 | copy number loss | PARP Inhibitor response [RCV000626435] | Chr16:46455960..90354753 [GRCh37] Chr16:16q11.2-24.3 |
drug response |
| GRCh37/hg19 16q11.2-24.3(chr16:46497599-90354753)x1 | copy number loss | PARP Inhibitor response [RCV000626429] | Chr16:46497599..90354753 [GRCh37] Chr16:16q11.2-24.3 |
drug response |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:88165-90274695)x3 | copy number gain | not provided [RCV000738918] | Chr16:88165..90274695 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:61451-90294632)x3 | copy number gain | not provided [RCV000738915] | Chr16:61451..90294632 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16p13.3-q24.3(chr16:88165-90163275)x3 | copy number gain | not provided [RCV000738917] | Chr16:88165..90163275 [GRCh37] Chr16:16p13.3-q24.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 16q11.2-12.1(chr16:46499176-47003285)x3 | copy number gain | not provided [RCV000751665] | Chr16:46499176..47003285 [GRCh37] Chr16:16q11.2-12.1 |
benign |
| GRCh37/hg19 16q11.2-12.1(chr16:46531203-47074235)x3 | copy number gain | not provided [RCV000751666] | Chr16:46531203..47074235 [GRCh37] Chr16:16q11.2-12.1 |
benign |
Additional Information
External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | HGNC:33754 | AgrOrtholog |
| COSMIC | C16orf87 | COSMIC |
| Ensembl Genes | ENSG00000155330 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| Ensembl Protein | ENSP00000285697 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENSP00000378285 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ENSP00000455829 | UniProtKB/TrEMBL | |
| Ensembl Transcript | ENST00000285697 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot |
| ENST00000394806 | ENTREZGENE, UniProtKB/Swiss-Prot | |
| ENST00000565112 | UniProtKB/TrEMBL | |
| GTEx | ENSG00000155330 | GTEx |
| HGNC ID | HGNC:33754 | ENTREZGENE |
| Human Proteome Map | C16orf87 | Human Proteome Map |
| InterPro | C16orf87-like | UniProtKB/Swiss-Prot |
| UPF0547 | UniProtKB/Swiss-Prot | |
| KEGG Report | hsa:388272 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| NCBI Gene | 388272 | ENTREZGENE |
| PANTHER | PTHR31101 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| Pfam | UPF0547 | UniProtKB/Swiss-Prot |
| PharmGKB | PA162378458 | PharmGKB |
| UniGene | Hs.406551 | ENTREZGENE |
| UniProt | CP087_HUMAN | UniProtKB/Swiss-Prot |
| H3BQL3_HUMAN | UniProtKB/TrEMBL | |
| Q6PH81 | ENTREZGENE | |
| UniProt Secondary | Q63HN9 | UniProtKB/Swiss-Prot |
 |
| More on C16orf87 | |
|
Alliance Gene |
|
NCBI Gene |
|
Ensembl Gene |
|
|
JBrowse: hg19 hg38 |
|
HGNC Report |
|
NCBI Genome Data Viewer |
| CRRD Object Information | |
| CRRD ID: | 1604693 |
| Created: | 2007-04-28 |
| Species: | Homo sapiens |
| Last Modified: | 2019-11-26 |
| Status: | ACTIVE |
