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Imported Annotations - MGI | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Term | Qualifier | Evidence | With | Reference | Notes | Source | Original Reference(s) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| inflammatory bowel disease 16 | ISS | RGD:737097 | 13592920 | OMIM:612259 | MouseDO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Gene-Chemical Interaction AnnotationsGene Ontology AnnotationsPhenotype AnnotationsDisease Annotations
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Gene-Chemical Interaction Annotations
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Gene Ontology Annotations
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Phenotype Annotations
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References - curated| 1. | GOA_HUMAN data from the GO Consortium |
| 2. | RGD automated import pipeline for gene-chemical interactions |
| 3. | RGD automated import pipeline for human HPO-to-gene-to-disease annotations |
References - uncurated| PubMed | 12345 2611899 9434163 9872942 9880523 10597252 11739281 11911831 11923219 12477932 12882979 14568967 15207783 15760679 16061878 16221758 16604264 16966713 17030188 17371957 17513783 17663424 17935696 18287561 18338776 18422820 18587394 18757243 18758464 19124533 19174806 19251437 19262684 19422935 19522538 19543369 19760754 19786547 19815424 19839006 19885571 20018961 20125169 20150621 20176734 20237496 20349123 20367632 20410491 20473688 20675196 20848476 20863486 20886065 21072187 21102463 21153332 21153333 21217782 21228792 21297633 21300286 21368235 21537832 21636646 21672030 21699788 21730793 21873635 22210436 22641456 22684480 23000144 23128233 23204549 23250276 23266558 23333304 23382586 23404494 23545578 23598291 23642711 24005100 24016146 24023314 24141405 24220298 24269700 24384427 24676358 24783249 24814505 24832108 24835165 25028192 25148371 25197060 25200589 25251497 25399326 25501099 25642632 25647275 25664710 25778932 25899471 25908025 25929716 25998826 26046454 26072972 26200500 26393680 26509650 26646413 26768609 26810853 26823868 26945876 27081759 27188743 27507062 27665176 27733581 28062298 28197769 28337757 28362712 28397078 28456797 28624054 28656288 28739718 28973304 29135326 29748156 29796912 29803925 29873318 29890027 30199539 30213220 30736740 31332995 |
Comparative Map Data| TNFSF15 (Homo sapiens - human) |
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| Tnfsf15 (Mus musculus - house mouse) |
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| Tnfsf15 (Rattus norvegicus - Norway rat) |
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| Tnfsf15 (Chinchilla lanigera - long-tailed chinchilla) |
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| TNFSF15 (Pan paniscus - bonobo/pygmy chimpanzee) |
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| TNFSF15 (Canis lupus familiaris - dog) |
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| Tnfsf15 (Ictidomys tridecemlineatus - thirteen-lined ground squirrel) |
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| TNFSF15 (Sus scrofa - pig) |
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Position Markers| RH120641 |
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| TNFSF15_410 |
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| D9S2088 |
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| D1S1423 |
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| D8S2279 |
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miRNA Target Status
| The detailed report is available here: |  | Full Report | | CSV | | TAB | | Printer |
miRNA Target Status data imported from miRGate (http://mirgate.bioinfo.cnio.es/). For more information about miRGate, see PMID:25858286 or access the full paper here. |
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Nucleotide Sequences| RefSeq Transcripts | NG_011488 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| NM_001204344 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| NM_005118 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GenBank Nucleotide | AB542703 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| AB542704 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AF039390 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AF520785 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK291642 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AK313721 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AL390240 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AW014795 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| AY434464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC069435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC074940 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC074941 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC104462 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| BC104463 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| CH471090 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| GM872837 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles | |
| LN874313 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | Search GEO for Microarray Profiles |
| RefSeq Acc Id: | NM_001204344 ⟹ NP_001191273 | ||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | REVIEWED | ||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | ||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
ATGCAACTCACAAAGGGCCGTCTTCATTTCAGTCACCCTTTGTCTCATACAAAGCACATTTCTChide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NM_005118 ⟹ NP_005109 | |||||||||||||||||||||||||||||
| RefSeq Status: | REVIEWED | |||||||||||||||||||||||||||||
| Type: | CODING | |||||||||||||||||||||||||||||
| Position: |
|
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| Sequence: |
GGAAAAGGGAAGGAGGAGACTGAGTGATTAAGTCACCCACTGTGAGAGCTGGTCTTCTATTTAAhide sequence |
Protein Sequences| Protein RefSeqs | NP_001191273 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| NP_005109 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| GenBank Protein | AAD08783 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| AAH69435 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAH74940 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAH74941 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAI04463 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAI04464 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAM77366 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| AAR98573 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAF84331 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAJ13472 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| BAJ13473 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| CAV13212 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| CTQ86078 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| EAW87431 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer | |
| O95150 | (Get FASTA) | NCBI Sequence Viewer |
| RefSeq Acc Id: | NP_005109 ⟸ NM_005118 |
| - Peptide Label: | isoform VEGI-251 precursor |
| - UniProtKB: | O95150 (UniProtKB/Swiss-Prot), A0A0U5JA19 (UniProtKB/TrEMBL) |
| - Sequence: |
MAEDLGLSFGETASVEMLPEHGSCRPKARSSSARWALTCCLVLLPFLAGLTTYLLVSQLRAQGEhide sequence |
| RefSeq Acc Id: | NP_001191273 ⟸ NM_001204344 |
| - Peptide Label: | isoform VEGI-192 |
| - UniProtKB: | O95150 (UniProtKB/Swiss-Prot) |
| - Sequence: |
MQLTKGRLHFSHPLSHTKHISPFVTDAPLRADGDKPRAHLTVVRQTPTQHFKNQFPALHWEHELhide sequence |
Promoters| RGD ID: | 7215983 | |||||||||
| Promoter ID: | EPDNEW_H13738 | |||||||||
| Type: | initiation region | |||||||||
| Name: | TNFSF15_1 | |||||||||
| Description: | TNF superfamily member 15 | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | EPDNEW (Eukaryotic Promoter Database, http://epd.vital-it.ch/) | |||||||||
| Experiment Methods: | Single-end sequencing. | |||||||||
| Position: |
|
| RGD ID: | 6808311 | |||||||||
| Promoter ID: | HG_KWN:64662 | |||||||||
| Type: | Non-CpG | |||||||||
| SO ACC ID: | SO:0000170 | |||||||||
| Source: | MPROMDB | |||||||||
| Tissues & Cell Lines: | HeLa_S3, Lymphoblastoid | |||||||||
| Transcripts: | OTTHUMT00000055424 | |||||||||
| Position: |
|
Clinical Variants| Name | Type | Condition(s) | Position(s) | Clinical significance |
| GRCh37/hg19 9q21.11-34.3(chr9:71069743-140999928) | copy number gain | Global developmental delay [RCV000626548]|Seizures [RCV000626548] | Chr9:71069743..140999928 [GRCh37] Chr9:9q21.11-34.3 |
likely pathogenic |
| GRCh38/hg38 9q22.33-33.1(chr9:99138048-115011033)x1 | copy number loss | Abnormal facial shape [RCV000050315]|See cases [RCV000050315] | Chr9:99138048..115011033 [GRCh38] Chr9:101900330..117773312 [GRCh37] Chr9:100940151..116813133 [NCBI36] Chr9:9q22.33-33.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | Global developmental delay [RCV000050347]|Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000050348]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000050348]|See cases [RCV000050348] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9q22.33-33.1(chr9:99349916-115767475)x1 | copy number loss | Chiari malformation type II [RCV000052921]|See cases [RCV000052921] | Chr9:99349916..115767475 [GRCh38] Chr9:102112198..118529754 [GRCh37] Chr9:101152019..117569575 [NCBI36] Chr9:9q22.33-33.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138124532)x3 | copy number gain | Intrauterine growth retardation [RCV000053745]|See cases [RCV000053745] | Chr9:193412..138124532 [GRCh38] Chr9:204193..141018984 [GRCh37] Chr9:194193..140138805 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138114463)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053746]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053746]|See cases [RCV000053746] | Chr9:193412..138114463 [GRCh38] Chr9:214367..141008915 [GRCh37] Chr9:204367..140128736 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | Developmental Delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053748]|Developmental delay and additional significant developmental and morphological phenotypes referred for genetic testing [RCV000053748]|See cases [RCV000053748] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:266045..141073897 [GRCh37] Chr9:256045..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:204193-138179445) | copy number gain | See cases [RCV000133791] | Chr9:204193..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138124524)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138783] | Chr9:193412..138124524 [GRCh38] Chr9:204090..141018976 [GRCh37] Chr9:194090..140138797 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p11.2-q34.3(chr9:193412-138159073)x3 | copy number gain | See cases [RCV000139207] | Chr9:193412..138159073 [GRCh38] Chr9:68420641..141053525 [GRCh37] Chr9:67910461..140173346 [NCBI36] Chr9:9p11.2-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138159073)x3 | copy number gain | See cases [RCV000138962] | Chr9:193412..138159073 [GRCh38] Chr9:204104..141053525 [GRCh37] Chr9:194104..140173346 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic|conflicting data from submitters |
| GRCh38/hg38 9q31.2-33.1(chr9:107530314-117965944)x1 | copy number loss | See cases [RCV000140794] | Chr9:107530314..117965944 [GRCh38] Chr9:110292595..120728222 [GRCh37] Chr9:109332416..119768043 [NCBI36] Chr9:9q31.2-33.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:203861-138125937)x3 | copy number gain | See cases [RCV000141876] | Chr9:203861..138125937 [GRCh38] Chr9:203861..141020389 [GRCh37] Chr9:193861..140140210 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:203862-138125937)x3 | copy number gain | See cases [RCV000143476] | Chr9:203862..138125937 [GRCh38] Chr9:203862..141020389 [GRCh37] Chr9:193862..140140210 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9q22.33-33.1(chr9:99138048-115011033)x1 | copy number loss | See cases [RCV000148264] | Chr9:99138048..115011033 [GRCh38] Chr9:101900330..117773312 [GRCh37] Chr9:100940151..116813133 [NCBI36] Chr9:9q22.33-33.1 |
pathogenic |
| GRCh38/hg38 9p24.3-q34.3(chr9:193412-138179445)x3 | copy number gain | See cases [RCV000148113] | Chr9:193412..138179445 [GRCh38] Chr9:204193..141073897 [GRCh37] Chr9:194193..140193718 [NCBI36] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:163131-141122114)x3 | copy number gain | See cases [RCV000240081] | Chr9:163131..141122114 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 9q31.3-33.1(chr9:111348809-118687200)x1 | copy number loss | See cases [RCV000449308] | Chr9:111348809..118687200 [GRCh37] Chr9:9q31.3-33.1 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:62525-141006407) | copy number gain | See cases [RCV000449375] | Chr9:62525..141006407 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 9p24.3-q34.3(chr9:203861-141020389)x3 | copy number gain | See cases [RCV000447207] | Chr9:203861..141020389 [GRCh37] Chr9:9p24.3-q34.3 |
pathogenic |
| GRCh37/hg19 9q31.1-33.3(chr9:104604851-126253089)x1 | copy number loss | See cases [RCV000447763] | Chr9:104604851..126253089 [GRCh37] Chr9:9q31.1-33.3 |
pathogenic |
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External Database Links| Database | Acc Id | Source(s) |
| AGR Gene | HGNC:11931 | AgrOrtholog |
| COSMIC | TNFSF15 | COSMIC |
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| Human Proteome Map | TNFSF15 | Human Proteome Map |
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| NCBI Gene | 9966 | ENTREZGENE |
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Nomenclature History| Date | Current Symbol | Current Name | Previous Symbol | Previous Name | Description | Reference | Status |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2017-03-07 | TNFSF15 | TNF superfamily member 15 | tumor necrosis factor superfamily member 15 | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED | |
| 2015-11-24 | TNFSF15 | tumor necrosis factor superfamily member 15 | tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 15 | Symbol and/or name change | 5135510 | APPROVED |
 |
| More on TNFSF15 | |
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Alliance Gene |
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NCBI Gene |
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Ensembl Gene |
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|
JBrowse: hg19 hg38 |
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HGNC Report |
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NCBI Genome Data Viewer |
| CRRD Object Information | |
| CRRD ID: | 737096 |
| Created: | 2004-02-06 |
| Species: | Homo sapiens |
| Last Modified: | 2019-11-26 |
| Status: | ACTIVE |
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RGD is funded by grant HL64541 from the National Heart, Lung, and Blood Institute on behalf of the NIH.
